Длинные некодирующие РНК (lncRNAs) — это транскрипты РНК длиной более 200 нуклеотидов, которые не кодируют белки. Раньше их считали просто транскрипционным шумом, но теперь известно, что они играют важную роль в росте растений, их развитии и реакции на стресс окружающей среды. Однако мало исследований использовали эпигеномные данные для изучения функций lncRNAs у растений.
Исследование, опубликованное в The Plant Journal
В исследовании, опубликованном в The Plant Journal, учёные из тропического ботанического сада Сишуанбаньна (XTBG) Китайской академии наук создали комплексные эпигенетические регуляторные ландшафты для lncRNAs у различных видов растений и разработали новую специализированную платформу открытого доступа под названием Plant Epigenetic Regulation of lncRNAs Database (PERlncDB).
Учёные собрали обширный набор данных более чем о 160 000 высококачественных lncRNAs из 19 репрезентативных видов растений. Они определили различные эпигенетические паттерны, связанные с lncRNAs, объединив 6 715 наборов данных ChIP-seq для модификаций гистонов, BS-seq для метилирования ДНК и RNA-seq.
Результаты исследования
Учёные обнаружили, что уровни метилирования ДНК были значительно выше в регионах lncRNA, чем в кодирующих белки генах (PCGs), причём самые высокие уровни были обнаружены в lncRNAs, связанных с транспозируемыми элементами. Они также обнаружили, что активирующие модификации гистонов в локусах lncRNA показали чёткую тканевую специфичность и отличные предпочтения от таковых в локусах PCG, что указывает на избирательную регуляцию локусов lncRNA специфическими эпигенетическими факторами.
Для облегчения представления данных и предоставления удобного интерфейса для визуального запроса учёные разработали специализированную платформу PERlncDB. Эта платформа в настоящее время предоставляет наиболее полную эпигенетическую характеристику с 163 609 записями lncRNA, охватывающими 19 видов растений. Она позволяет пользователям просматривать видоспецифичные lncRNAs, получать доступ к подробным эпигенетическим аннотациям, выполнять межвидовой анализ сохранения и визуализировать сложные эпигеномные ландшафты.
«PERlncDB служит мостом, соединяющим эпигеномные данные с функциональными выводами, что даёт возможность сообществу исследователей растений систематически изучать функции lncRNA», — сказал Лю Чаннин из XTBG.
Предоставлено Китайской академией наук.
Другие новости по теме
- Животные поддерживают стабильность, контролируя положение своего тела и корректируя ошибки с каждым шагом.
- Внеклеточные везикулы: ключ к остановке старения?
- Найден недостающий белок-транспортер: как рис распределяет железо по молодым листьям
- Собаки-питомцы могут способствовать улучшению психического здоровья подростков
- Геномы возрастом 10 тысяч лет из южной части Африки меняют представление об эволюции человека
- Альпинисты обнаружили остатки давнего «нашествия» морских черепах в Италии
- Буйный рост устриц в Ферт-оф-Форт
- Исследование показывает, что человеческие чувства влияют на представления об эмоциях и благополучии кошек
- Защита ламантинов может ослабнуть из-за предлагаемых изменений в Закон об исчезающих видах при администрации Трампа
- Влияние «Челюстей» ослабевает: восприятие акул смягчается
Другие новости на сайте
- Рентгеновская визуализация показывает, как кремниевые аноды поддерживают контакт в твердотельных батареях
- Как признания могут помочь языковым моделям быть честными
- Электрические колебания в микротрубочках связывают цитоскелет с передачей сигналов в нейронах
- Умный материал мгновенно меняет цвет по команде для использования в текстиле и потребительских товарах
- Расшифровка тяжеловесов мира тетракварков: учёные исключают существование четвёртого нейтрино в загадке физики элементарных частиц
- Как поймать ещё не открытую комету
- Знаменитая комета 3I/ATLAS покрыта ледяными вулканами, что удивило астрономов
- Животные поддерживают стабильность, контролируя положение своего тела и корректируя ошибки с каждым шагом.
- Внеклеточные везикулы: ключ к остановке старения?
- Кандидат физико-математических наук Джессика Фрай вошла в список Forbes «30 до 30» за 2026 год в категории «Наука».