Связывание белков с ДНК имеет решающее значение для производства других белков, обеспечения выполнения всех необходимых процессов в клетках и для включения или выключения генов. Белки, которые связываются с ДНК, называются факторами транскрипции. Из-за динамического взаимодействия факторов транскрипции с ДНК сложно определить, где в геноме происходят взаимодействия между факторами транскрипции и ДНК.
Исследовательская группа из Кёльнского университета разработала метод DynaTag, который надёжно идентифицирует эти взаимодействия. Если ядра клеток неповреждены, DynaTag доказал свою эффективность при работе с небольшими объёмами образцов и даже на уровне отдельных клеток.
Исследование опубликовано в журнале Nature Communications под названием «DynaTag для эффективного картирования факторов транскрипции в образцах с низким содержанием материала и на уровне отдельных клеток».
«DynaTag превосходит существующие методы, такие как ChIP-seq и CUT&RUN, по чувствительности и разрешению результатов. Новый метод обеспечивает высокоточное картирование участков ДНК, где связываются факторы транскрипции», — говорит доктор Роберт Хэнсель-Хертш, главный исследователь Центра молекулярной медицины Кёльна (CMMC) и руководитель исследования.
В сложных организмах, таких как животные с различными тканями и типами клеток, трудно определить, где факторы транскрипции связываются с ДНК в геноме. По словам исследователей, этот новый метод, который позволяет анализировать отдельные клетки в различных тканях, может значительно улучшить наше понимание биологических процессов развития и механизмов заболеваний в физиологически значимых системах.
Кроме того, метод может определить активность факторов транскрипции в образцах тканей. Это важно для клинических исследований, поскольку образцы тканей обычно получают от пациентов для патологоанатомического исследования.
Исследователи продемонстрировали преимущества метода в исследовании мелкоклеточного рака лёгких на мышиной модели. Группа под руководством Хэнсель-Хертша изучала связывание факторов транскрипции в мелкоклеточных опухолях лёгких до и после химиотерапии.
«Уже было установлено, что после химиотерапии при мелкоклеточном раке лёгких активируются определённые сигнальные пути, способствующие резистентности или метастазированию. Однако не было известно, какие факторы транскрипции регулируют эти сигнальные пути», — говорит Хэнсель-Хертш.
«С помощью DynaTag мы смогли идентифицировать специфические факторы транскрипции, которые демонстрируют повышенное связывание с генами, принадлежащими к этим сигнальным путям после химиотерапии, и, вероятно, способствуют дальнейшему росту опухоли».
Таким образом, DynaTag устраняет фундаментальное техническое ограничение и открывает новые возможности для изучения эпигенетической регуляции в здоровье и болезнях, особенно в образцах, которые трудно получить, или в редких популяциях клеток.
Предоставлено Кёльнским университетом.
Другие новости по теме
- Оптигенетическая платформа обеспечивает пространственно-временной контроль активности белков и мРНК в живых клетках
- Как учёные изучают жизнь на грани с помощью антарктических морских пауков
- Биомедицинские инженеры создали органоид целого мозга
- Треть канадцев готова открыть свои кошельки ради сохранения водно-болотных угодий.
- Впервые проведено однодневное исследование микробиома почвы на Крите
- «Это чудо природы»: спустя 111 лет это млекопитающее совершило невероятное возвращение
- Новое понимание поможет фагам победить устойчивые к антибиотикам бактерии
- Австралийский биобанк замораживает ткани животных для сохранения видов
- Восстание крыс: впервые зафиксировано, как местные ракали атакуют чёрных крыс
- Роботизированные рамки дают новое понимание поведения медоносных пчёл и хранения мёда
Другие новости на сайте
- Искажённый звук ранней Вселенной указывает на то, что мы живём в гигантской пустоте.
- Юридический эксперт обсуждает решение Международного суда ООН о возможности судебных исков между странами из-за выбросов парниковых газов
- Биткоин вновь достиг отметки в 118 тысяч долларов после торгового соглашения Трампа с ЕС
- Озабоченность тем, что снижение рождаемости в США может привести к коллапсу населения, основана на ошибочных предположениях.
- Hubble наблюдает за закрученной спиральной галактикой NGC 3285B
- Изменение «оксисферы» может помочь в борьбе с деоксигенацией прибрежных экосистем
- TechCrunch Mobility: Tesla против GM — история двух финансовых отчётов
- Динамический набор данных раскрывает роль водно-болотных угодий в изменении наземных поглотителей углерода
- 🚨 Главный вопрос: Всё ещё ждёте Hollow Knight: Silksong в Xbox Game Pass? 🎮
- Оптигенетическая платформа обеспечивает пространственно-временной контроль активности белков и мРНК в живых клетках