Устойчивость к противомикробным препаратам (УПП) — это растущая проблема в области здравоохранения, которая снижает эффективность жизненно важных методов лечения и повышает риск осложнений при проведении рутинных медицинских процедур.
Для поддержки исследований в области УПП Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI), входящий в Европейскую молекулярно-биологическую лабораторию (EMBL), запустил портал УПП — центральный хаб, который объединяет бактериальные геномы, фенотипы устойчивости и функциональные аннотации в одном месте.
Первый выпуск портала УПП основан на наборе данных, предоставленном Имперским колледжем Лондона в рамках проекта по прогнозированию устойчивости к противомикробным препаратам на основе генотипов (CABBAGE). Портал УПП обеспечивает долгосрочную доступность, стандартизацию и возможность повторного использования данных об УПП.
«Устойчивость к противомикробным препаратам — одна из самых насущных проблем в области глобального здравоохранения», — сказала Хелен Паркинсон, руководитель секции в EMBL-EBI. «Работа над порталом УПП объединяет исследователей Имперского колледжа и экспертов EMBL-EBI, чтобы обеспечить глобальный доступ к знаниям о геномике и устойчивости к антибиотикам. Это закладывает основу для исследований УПП и упрощает доступ для пользователей по всему миру».
Портал УПП объединяет экспериментальные и вычислительные типы данных, позволяя исследователям изучать, как генетические варианты приводят к устойчивости к противомикробным препаратам.
Пользователи могут изучать такие данные, как:
* бактериальные геномы;
* фенотипы устойчивости;
* функциональные аннотации.
Предоставляя высококачественные структурированные данные в большом объёме, портал УПП также создаёт основу для обучения и тестирования систем машинного обучения, которые могут прогнозировать устойчивость на основе последовательностей ДНК и улучшать обнаружение и мониторинг устойчивости.
«Целью базы данных CABBAGE было собрать все общедоступные данные о геномике и устойчивости к противомикробным препаратам в согласованном, пригодном для повторного использования формате», — сказал Леонид Чинделевич, доцент кафедры устойчивости к противомикробным препаратам в Имперском колледже Лондона. «Работа с EMBL-EBI над созданием портала УПП означает, что эти данные будут доступны открыто, что позволит мировому научному сообществу более эффективно изучать механизмы устойчивости, накапливать более убедительные доказательства для поддержки решений в области общественного здравоохранения и способствовать разработке более точных методов диагностики».
Портал УПП работает на базе инфраструктуры данных EMBL-EBI, объединяя последовательности геномов, данные о белках и функциональных аннотаций, а также микробные данные в единую интегрированную систему. Он использует основные ресурсы EMBL-EBI, включая данные и программное обеспечение из Европейского архива нуклеотидов (ENA), BioSamples, UniProt, InterPro, MGnify и Ensembl.
«Этот проект демонстрирует силу интегрированной инфраструктуры EMBL-EBI», — сказал Энди Йейтс, руководитель группы в EMBL-EBI. «Объединяя данные, инструменты и опыт со всего института, мы можем сделать сложную биологическую информацию доступной и пригодной для использования в больших масштабах. Портал УПП — прекрасный пример того, как наша общая инфраструктура позволяет нам поддерживать мировое научное сообщество».
Проект портала УПП объединяет исследовательские и сервисные группы EMBL-EBI, объединяя опыт в области геномики, белков, микробиомов и стандартов данных для создания единого ресурса.
«Этот новый ресурс УПП от EMBL-EBI представляет собой беспрецедентную, тщательно отобранную коллекцию данных о фенотипах устойчивости к противомикробным препаратам», — сказала Кейт Бейкер, профессор прикладной микробной геномики в Кембриджском университете. «Связывая фенотипические измерения с геномной информацией, эта инициатива облегчает исследователям лучшее понимание взаимосвязи между генотипом и устойчивостью к противомикробным препаратам и будет поддерживать глобальные научные усилия по борьбе с УПП».
Этот выпуск знаменует собой первый этап работы портала УПП, и в будущем планируется добавить больше функций и данных. Следующие шаги будут сосредоточены на приёме данных от сообщества, чтобы исследователи могли вносить свои данные об устойчивости к антибиотикам, включая лабораторные результаты и опубликованные исследования. Также планируется расширить спектр доступных аннотированных генов устойчивости и включить аннотации белков и функций из UniProt и InterPro.
«Это первый этап. Следующий шаг — снизить барьер для людей, генерирующих данные об УПП, чтобы их можно было сохранять в архивах EMBL-EBI», — сказал Джон Лиз, руководитель группы в EMBL-EBI. «По мере того, как всё больше групп будут вносить свой вклад, этот портал будет естественным образом расширяться и станет всё более мощным ресурсом для глобального сообщества УПП, позволяя создавать эталонные наборы данных для инструментов прогнозирования УПП и помогая отслеживать тенденции устойчивости с течением времени».
Предоставлено Европейской молекулярно-биологической лабораторией.
Другие новости по теме
- Плавающие солнечные панели: перспективы и экологические последствия
- Исследователи обнаружили, что у одноклеточных организмов эпигенетический код ДНК более сложен, чем у многоклеточных.
- Застрявшие и испытывающие стресс жирафы в Кении перемещены из-за сокращения среды обитания
- Как цветок «Царица ночи» быстро производит свой характерный аромат
- Не шутя. Оказывается, хамелеон с длинным носом — это несколько видов
- Обнаружено, что переносчики сахара усиливают проникновение аминогликозидных антибиотиков в бактерии
- Смертельная агрессия среди шимпанзе связана с большими территориями и более высоким выживанием детёнышей
- Жестокая борьба шимпанзе Ngogo за территорию приводит к демографическому взрыву
- В клетках обнаружен кластер железо-сера, необходимый для правильной сборки рибосом
- Новый вычислительный инструмент помогает учёным интерпретировать сложные данные об отдельных клетках
Другие новости на сайте
- Гран-при Формулы-1 в Лас-Вегасе станет последним мировым событием на американской земле
- Первый проект климатического пакта представлен на COP30 в Бразилии
- Глубокие наблюдения показывают: в изолированной галактике образуются звёзды без признаков прошлых слияний
- Интуи́т и OpenAI объединяют усилия для создания новых возможностей на базе искусственного интеллекта
- Сингапур изъял рекордную партию рогов носорога
- Suzuki представляет новую модель мотоцикла — SV-7GX
- Suzuki представляет новую модель мотоцикла — SV-7GX
- Плавающие солнечные панели: перспективы и экологические последствия
- Ultraviolette выводит на рынок Великобритании F77 Mach 2 Recon и F77 SuperStreet Recon
- WeRide получила первое в ОАЭ разрешение на работу полностью беспилотных роботакси в масштабах города