Руководство по пространственной транскриптомике, основанное на анализе образцов

Технологическое развитие — ключ к улучшению диагностики и лечения гематологических раков. С этой целью Институт исследований рака им. Хосепа Каррераса стремится создавать и внедрять новые системы, расширяющие возможности омиксных технологий. Одной из таких систем является пространственная транскриптомика — пересечение геномики, транскриптомики и передовой микроскопии.

Пространственная транскриптомика позволяет исследователям понять, что делает каждая клетка в гистологическом срезе по сравнению с другими. Буквально можно увидеть, какие молекулярные маркеры присутствуют в каждой клетке биопсии, в их реальном положении, и получить гораздо более детальное представление о структуре опухоли. Это более глубокое понимание позволит клиническим исследователям разработать новые, ультраперсонализированные терапевтические стратегии, немыслимые до сих пор.

Однако эта методология настолько нова, что глобальный стандарт всё ещё отсутствует, что серьёзно затрудняет воспроизводимость экспериментов — краеугольный камень научной системы. Чтобы решить эту проблему, команда специалистов по пространственной биологии в Институте Хосепа Каррераса под руководством доктора Эдуарда Порта и доктора Даниэлы Грасес, обобщила свой опыт после анализа более чем 1000 образцов в первом практическом руководстве по пространственной транскриптомике, недавно опубликованном в журнале Trends in Biotechnology.

По словам Грасес, «быстрый рост пространственной транскриптомики означает, что многие группы сталкиваются с практическими препятствиями: выбор платформы, качество образцов, глубина секвенирования и т. д.». Поэтому команда предлагает советы о том, как исправить распространённые ошибки и «интегрировать методологию надёжным и воспроизводимым образом».

Публикация охватывает все ключевые элементы эксперимента по пространственной транскриптомике, такие как определение биологического вопроса, оптимальное количество образцов, выбор соответствующей технологической платформы и то, как персонал должен обрабатывать и интерпретировать данные.

По мнению Грасес, будущее пространственной транскриптомики — «её интеграция в клинические рабочие процессы, как ещё один элемент в протоколах больниц для рутинной патологии, для облегчения диагностики пациентов». Это амбициозное будущее, учитывая, что эта технология всё ещё находится в стадии разработки, и её внедрение в настоящее время экономически нецелесообразно из-за стоимости материалов и необходимости в высококвалифицированном персонале.

Благодаря разработке новых аналитических инструментов, гораздо более мощных, чем те, что используются в настоящее время, мы находимся на пороге революции в диагностике гематологических раков. Диагностика будет более быстрой, точной и персонализированной — ключевые моменты, которые Институт исследований рака им. Хосепа Каррераса стремится реализовать для достижения своей основополагающей миссии: положить конец раку крови для всех пациентов.

Предоставлено Институтом исследований рака им. Хосепа Каррераса

Источник

Другие новости по теме

Другие новости на сайте