Впервые проведено однодневное исследование микробиома почвы на Крите

Учёные провели первое в истории однодневное исследование микробиома почвы на острове Крит. Это стало серьёзным вызовом, поскольку греческий остров имеет длину около 160 миль и возвышается более чем на 8000 футов над уровнем моря.

Геномное секвенирование и анализ

Геномное секвенирование и анализ более 435 образцов, взятых в тот день, были опубликованы в журнале Environmental Microbiome.

Что такое микробиом?

Микробиом — это сообщество организмов (бактерий, грибов, вирусов), которые живут вместе в одном пространстве, например, в кишечнике, на коже, в воде или почве. Здоровый микробиом почвы имеет решающее значение для поддержания процветающей экосистемы, включая смягчение последствий изменения климата, поддержание здоровья растений и баланс углекислого газа в атмосфере.

Ведущий автор исследования

«Это был исторический день — первый крупномасштабный отбор проб на острове Крит и первое всестороннее исследование его микробиома почвы. От прибрежных пляжей до горных вершин, День отбора проб на острове запечатлел момент времени», — сказала ведущий автор исследования Йоханна Хольм, доктор философии, исследователь Центра передовых исследований микробиома и инноваций (CAMRI) и доцент Медицинской школы Университета Мэриленда (UMSOM).

Важность однодневного сбора образцов

«Самое главное, что, собрав образцы почвы за один день, мы минимизировали вариативность, связанную с колебаниями погоды, сезонами и использованием земель», — отметила Хольм.

Участие учёных и волонтёров

Во время ежегодного собрания Консорциума по геномным стандартам (GSC) 15 июня 2016 года учёные и волонтёры из числа граждан взяли пробы почвы в 72 точках по всему Криту.

Цель и деятельность GSC

GSC — это международная группа учёных, чья миссия заключается в разработке стандартов метаданных для отчётности по геномным данным, чтобы они были легко обнаруживаемыми и совместимыми для исследователей из разных стран. Консорциум разработал строгие протоколы отбора проб, обеспечивая стандартизацию и научную строгость процесса.

Результаты исследования

Некоторые результаты удивили исследователей. Например, они обнаружили, что микробы в почве Крита оставались весьма разнообразными по всему острову.

«Мы думали, что, возможно, высота над уровнем моря может снизить микробное разнообразие из-за более экстремальных условий», — сказала Линн Шримл, доктор философии, руководитель исследования, профессор и учёный в Институте геномных наук (IGS) Медицинской школы Университета Мэриленда и президент GSC. «Мы обнаружили, что разнообразие микробов по экозонам определяется сочетанием факторов окружающей среды, влажности почвы и азота».

Новый фреймворк для сравнения экосистем

Помимо создания нового фреймворка для сравнения экосистем путём сбора всех образцов за один день, GSC сделал эти данные общедоступными для повторного использования, поощряя будущие исследования. Данные можно найти на GitHub.

Предоставлено:
[Университет Мэриленда, Медицинская школа](https://phys.org/partners/university-of-maryland-school-of-medicine/)

Источник